レットロランドの主な住人は……アルファベットの文字たち。彼らは私たち人間と同じように言葉を話し、歩き、食事をし、トランプに興じ……そして、中には犯罪に手を染める者もいる。

波乱に満ちた青春時代を過ごしたプロフェッサーXは、自ら発明した「Xブレスレット」を助手のi3に移植する。そしてある日、i3が犯罪者たちの悪事に遭遇したとき、彼の血が一気に沸き立つ。 「ホワイト・ライトニング」と呼ばれる現象を経て、若き文字は突如として姿を変え、「スパイ i」へと変身する。そして「必殺パンチ」を見舞い、敵を次々と打ち倒していく。中でも、彼が最も頻繁に対峙することになる相手こそ、恐るべきEDarkである。

しかし、スパイ iの力は、EDarkが仕える者たちの好奇心をも刺激する。その一人が、プロフェッサーXの大学時代の旧友である「オブスキュアZ」。そしてさらにその上には、「オブスキュア・オーガニゼーション」のために活動する人工知能、「ノーフェイス」がいた。

敵たちがXブレスレットを盗み出すことに成功しても、スパイ iはなおも彼らを打ち破る。しかし、オブスキュア・オーガニゼーションは敗北をそのまま受け入れるような組織ではない。そしてノーフェイスは、ついに正義の味方を、すべてが反転した別次元へと送り込む。 スパイ iはプロフェッサーZの助けを借りてこちらの世界へ帰還するが、その帰還には「もう一人のi3」もついてきていた。自らの負の分身であるもう一人のi3は、混乱を巻き起こすことを決意していた。

やがてノーフェイスは自らをアップデートし、バージョン2.0へと移行すると、もはや理性の及ばない存在となる。スパイ iは、ついに自らの分身と手を組むことを余儀なくされる。その間に、もう一人のi3もまたXブレスレットを手に入れ、変身する力を得ていたのだ。 ノーフェイスは打ち倒され、ついにはレットロランドから追放される。文字たちは英雄となったスパイ iの勝利を祝い、歓喜に沸く。

……しかし、本当にこれでノーフェイスは終わったのだろうか？